De nombreuses autres raisons de retarder l'enregistrement ne sont pas liées au Programme de protection des passagers. Celles-ci comprennent, sans s'y limiter, les personnes ne possédant pas les bonnes pièces d'identité, les vérifications aléatoires des transporteurs aériens et des aéroports, ainsi que les vérifications par rapport à d'autres listes des transporteurs aériens.
Il est possible qu'un passager ait un nom semblable et la même date de naissance qu'une personne qui se trouve sur la LPP. Dans un tel cas, un retard peut survenir lorsqu'on s’assure que le voyageur n'est pas la personne précisée. Ces retards sont minimes et les responsables de Transports Canada s’efforcent assidûment d’éviter ou de minimiser ces perturbations.
Dans le cas des passagers qui ont subi un retard lors de l'embarquement, mais qui ont quand même pu monter à bord, ce retard peut avoir été causé par des facteurs indépendants de la volonté de Transports Canada. Par exemple,
Les passagers qui ont subi des retards lors de l’embarquement sur des vols à destination ou en provenance des États-Unis l’ont peut-être été en raison de facteurs liés au contrôle exercé par le département de la Sécurité intérieure des États-Unis. Ces passagers peuvent demander assistance auprès du Traveler Redress Inquiry Program.
Les passagers doivent communiquer avec le service à la clientèle du transporteur aérien s'ils subissent continuellement des retards avec ce transporteur.
Dans l'éventualité où le Programme de protection des passagers causerait un retard à un individu n'étant pas une personne précisée, Transports Canada communiquera directement avec cette personne afin de trouver des solutions et de prévenir des retards futurs lorsque celle-ci voyagera à l'avenir.